Banderas se je rodil 10. avgusta 1960 v Malagi očetu policistu in materi učiteljici. Po navedbah spletne enciklopedije Wikipedia je v mladosti želel postati profesionalni nogometaš, a je moral pri 14 letih te sanje zaradi poškodbe stopala opustiti. Zatem se je vrgel v igro, tako v gledališču kot na velikih platnih.
Leta 1981 se je začelo njegovo petletno sodelovanje s Španskim nacionalnim gledališčem v Madridu. Zaradi gledališkega nastopanja in politične cenzure v času diktature Francisca Franca je bil večkrat aretiran.
V 80. letih minulega stoletja je zaslovel v filmih rojaka Pedra Almodovarja, med drugim v Priveži me!, s katerim sodeluje že od leta 1982. V njegovih filmih je med drugim nastopil v vlogah posiljevalca, duševnega bolnika in ugrabitelja.
Ker na začetku svoje hollywoodske kariere ni znal govoriti angleško, se je svojih vrstic naučil fonetično. Kasneje je jezik usvojil s pomočjo intenzivnih tečajev angleščine, kar mu je pomagalo pri uspešnici Filadelfija (1993), kjer je odigral vlogo ljubimca Toma Hanksa.
Leta 1994 je v Intervjuju z vampirjem poleg Toma Cruisa in Brada Pitta upodobil večno mladega vampirja, v franšizi Shrek pa je svoj glas posodil Obutemu mačku, čigar orožje sta meč in ljubek pogled. Blestel je tudi v filmih, kot sta Desperado (1995) in Izvirni greh (2001).
V filmih Zorro (1998) in Legenda o Zorru (2005), ki sta med bolj poznanimi upodobitvami zamaskiranega jezdeca, je zaigral v glavni vlogi, poleg njega pa je nastopila Catherine Zeta-Jones.
Leta 2015 se je po skoraj 20 letih zakona ločil od ameriške igralke Melanie Griffith. Istega leta se je odločil za vpis na prestižno londonsko šolo za modno oblikovanje Central Saint Martin.
V svoji karieri je prejel številne nagrade, med njimi pet zlatih globusov, dve nagradi emmy in oskarja. Leta 2015 je bil dobitnik častne nagrade goya za življenjsko delo. Lansko leto mu je losangeleško Združenje filmskih kritikov namenilo nagrado za najboljšo moško vlogo za nastop v Almodovarjevem filmu Bolečina in slava.